桑树植物激素代谢网络 Mulberry hormone–metabolism crosstalk

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数据来源与方法学 · Provenance

文献框架：Fàbregas N., Yoshida T., Fernie A. R. Bidirectional crosstalk between plant hormone signaling and metabolism. Plant Physiology 200(2):kiaf630, 2026. DOI 10.1093/plphys/kiaf630（按 9 大激素逐条梳理「合成 → 信号 → 对代谢的影响 → 代谢反向调控」）。
转运层框架：Vilain L., Fauconnier M.-L., Genva M. Towards an integrated molecular understanding of plant hormones. Journal of Integrative Plant Biology 00:1–40, 2026. DOI 10.1111/jipb.70238（每个激素分「生物合成 · 转运 · 信号」三节；本页据此补上原先完全缺失的转运层）。
基因数一律为 TWCG 长果桑基因组真实注释：/data/disk/twcg/db/genes.sqlite（82,776 条基因，其中 37,045 条带 KEGG KO、21,003 条有 KEGG 通路归属、39,787 条有 GO）。
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基因数一律为 TWCG 长果桑基因组真实注释：/data/disk/twcg/db/genes.sqlite（82,776 条基因，其中 37,045 条带 KEGG KO；另有 21,003 条有 KEGG 通路归属、39,787 条有 GO）。更正：本页此前写作「79,004 条有 KEGG 注释」有误 —— 79,004 是表达矩阵 expression/tpm.tsv 与功能注释表的基因行数，与 KEGG 无关。
转运层锚定：家族枚举取自全库 KO 描述串（ko_anchor_sets.py），域级锚定取自 Pfam-A + hmmsearch --cut_ga 全基因组普查（82,776 条蛋白）。所有家族基因数均为基因并集，不是各 KO 计数相加。
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转运层锚定：家族枚举取自全库 KO 描述串（ko_anchor_sets.py，不预设 KO 号）；域级锚定取自 Pfam-A + hmmsearch --cut_ga 对 82,776 条蛋白的全基因组普查（蛋白组含非标准残基 U，已先置换为 X）。所有家族基因数均为基因并集，不是各 KO 计数相加。
节点 = KEGG Ortholog（KO）。每个节点的「基因数」= 全基因组中注释到该 KO 的基因条数，按单倍型拆分；「代表基因」为真实基因 ID。
通路级计数同源于平台富集工具使用的 enrichment/data/gene2pathway.tsv，可复现。
亚基因组口径：HapA1(25,571) / HapA2(26,164) / HapB(27,269)；另有 3,772 条基因（占 4.6%）未定亚基因组，分布在 161 个 scaffold 上，基因 ID 形如 TWCG.074411（无 HapX 前缀）。
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亚基因组口径：HapA1(25,571) / HapA2(26,164) / HapB(27,269)；另有 3,772 条基因（占 4.6%）未定亚基因组，分布在 161 个 scaffold 上（基因最多者 Scaffold94.11 585 条，其次 Scaffold96 260 / Scaffold98 184），这些基因 ID 形如 TWCG.074411（无 HapX 前缀）。更正：本页此前写作「3,772 条 scaffold」有误 —— 3,772 是基因条数，不是 scaffold 个数。
代谢物化学结构：名称 → PubChem PUG-REST（PubChem 无条目者，如 carlactonoic acid、JA-Ile，改取 KEGG COMPOUND 的 molfile）；所有 SMILES 均由数据库返回，本页不手写任何结构式；2D 图由 RDKit 渲染后内联进本文件，离线可用。
跨库注释：PlantMetWiki（WikiPathways + PlantCyc 的 FAIR 知识图谱）；匹配以 InChIKey 为主键（由本页 SMILES 经 RDKit 现算，非手写），因去质子化/带电形式差异按分级标注（全等 / 仅质子化态不同 / 同骨架 / 名称）；代谢物弹窗内的通路归属、物种标签与 PubMed 引用均为该库原有字段，只做展示，不做推断。
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跨库注释：PlantMetWiki（WikiPathways + PlantCyc 的 FAIR 知识图谱，SPARQL 端点 plantmetwiki.bioinformatics.nl/sparql）。匹配以 InChIKey 为主键（由本页 SMILES 经 RDKit 现算，非手写），辅以 PubChem CID 与名称归一化；因该库存的是去质子化/带电形式，InChIKey 末位质子化标志常与本页中性酸不同，故按分级标注（全等 / 仅质子化态不同 / 同骨架 / 名称）。每个代谢物弹窗内的通路归属、物种标签与 PubMed 引用均为该库原有字段，只做展示，不做推断。

⚠️ 诚实缺口 · Known gaps（宁可不报，不要假报）

本页所有数字均由脚本从服务器只读导出，未做任何人工估算或外推；文献中的机制若在桑树注释中找不到对应基因，只以「文献机制」形式呈现，不伪造基因数。需实测标定的结论已单独标注。